Continuando com os acontecimentos da última série (Shakugan no Shana II), ambas Shana e Kazumi ficam em seus respectivos locais à espera de Yuji, que irá se encontrar com uma delas, apenas para descobrir que Yuji desapareceu, nem mesmo com a menor evidência de sua existência deixado para trás. Nem tudo está perdido, no entanto, como as cartas que os dois enviaram a ele ainda há esperança de existência de Yuji. Enquant Shana e todos buscam respostas sobre o paradeiro de Yuji, eles logo descobrem a verdade, olhando para ele, quando Yuji reaparece na frente deles como líder do Bal Masqué. Sem escolha, Shana tem agora que enfrentar seu adversário mais improvável no campo de batalha em seu desafio mais difícil ainda.
