Em uma cidade num futuro proximo, Heartland, surge um novo tipo de Duelo, Duelo Com Realidade Aumentada. Duelos com realidade Aumentada Utilizam D-Gazer e D-Pads que são uma especie de “Scouter” e Disco de Duelo, respectivamente. Mas um garoto no meio dessas pessoas que adoram esse novo tipo de duelo, Yuma Tsukumo aparece. É um novato, é campeão em apenas perder, mas quer ser um Duel Champion, mas devido a um certo evento, acaba por enfrentar o Valentão Nº 1 da sua escola, Ryoga, conhecido também como “Shark”. Mas esse duelo não vai ser normal, já que no meio do duelo, Yuma vai para outra “realidade”, abre uma porta com a chave que carrega consigo (um presente dos seus Pais) e dessa porta sai um ser de outra dimensão, Astral. Agora Yuma e Astral precisam trabalhar juntos para coletar as 99 “Number” Cards que são parte da Memória de Astral, para então Astral recuperar sua memória.
