A história se centraliza na Pequena Tóquio, onde o tradicional conhece o futurístico e onde os servos Pizza Cats trabalham em seu Fast-Food de pizzas. A Pequena Tóquio é habitada por tipos de animalóides, cujo governador oficial é o Imperador Fred, mas devido às suas alucinações, sua filha Princesa Violeta e o conselho o substituíram. O líder do conselho é o 1º ministro Seymour Queijão que tenta colocar a Pequena Tóquio sob suas patas e que sonha em ser o governador. O único que sabe os planos malignos do Queijão é o comandante da Guarda do Palácio chamado Al Dente. Sendo insuficiente para desmascarar Queijão, Al Dente decide chamar três jovens gatos guerreiros, os Samurai Pizza Cats. Cada um tem suas manobras e armas únicas que os ajudam a deixar os habitantes da Pequena Tóquio salvos dos planos malignos do Queijão, que às vezes usam a forma de um robô gigante. Agora, os simples Pizza Cats se tornam em grandes Samurai Pizza Cats e passam a lutar contra os malfeitores. Mas os Samurai Pizza Cats não ficam sozinhos, porque eles contam com a ajuda da Equipe de Resgate: General Gatão, Bat Gato, Spritz T. Gato e Miauzma Ferramenta.
