A historia se passa no ano de 2035 falando sobre Kei Kusanagi, um garoto do colegial com uma misteriosa doença, o “Tetai”, que faz com que ele desmaie conforme as suas emoções. Ele acaba se apaixonando por sua professora, Mizuho Kazami, que é uma extra-terrestre com aparência igual a de um ser humano, que veio ao planeta para estudar o comportamento de jovens estudantes. Devido a um mal entendido com os tios de Kei e o diretor do colégio onde ele estuda e ela trabalha, Kei e a professora Mizuho acabam se casando, mas mantêm isto em segredo das pessoas da cidade. Isto dificulta até mesmo o relacionamento entre Kei e seus amigos.
