Hanato Kobato é uma jovem misteriosa que veio a Terra com uma missão, curar o coração das pessoas que cruzam o seu caminho e encher uma garrafa com esses corações feridos, ou como ela diz, Kompeitou. Apenas quando essa garrafa estiver cheia é que ela poderá alcançar o seu desejo, no caso, ela deseja ir a algum lugar. Para isso ela conta com a ajuda de Ioryogi, um pequeno cachorro azul que parece um cachorro de pelúcia. Nessa jornada ela conhece Fujimoto, um rapaz fechado e rude no inicio, mas com o tempo percebe-se uma aproximação de ambos e durante toda a história é visível o cuidado dele por Kobato. Fujimoto, trabalha e é irmão de criação de Sayaka, a dona de uma creche que está prestes a ser fechada por causa das muitas dividas pendentes, e onde Kobato começa a ajudar. No decorrer da história muitos mistérios vão sendo revelados e pouco a pouco o passado desconhecido de Kobato vem a tona.
