Em cada pessoa habita uma flor do coração conectada à grande Árvore dos Corações que observa todos. Protegendo esta árvore estão as Heartcatch Pretty Cures, garotas mágicas defensoras, lutam contra os Apóstolos do Deserto, que planejam murchar tudo e transformar o mundo num deserto. No entanto, quando a atual Pretty Cure, Cure Moonlight, foi derrotada na batalha e a Arvore dos Corações perdeu suas flores, ela envia duas fadas, Chypre e Coffret, à superfície da terra, a fim de procurar sua substituta. Elas encontram Tsubomi Hanasaki, uma garota tímida amante das flores, acabava de se mudar para a cidade com sua família e recebeu o poder de se tornar Cure Blossom. Junta com sua nova amiga, Erika Kurumi (Cure Marine), elas lutam contra seus inimigos e ganham Sementes do Coração para tornar a Árvore dos Corações saudável novamente.
