No começo, Marcus é um estudante de 14 anos do segundo ano colegial invicto em batalhas, embora falte habilidade com computadores e a tecnologia, seu pai é a autoridade principal em “Mundo Digital”. Um dia ele encontra o digimon Agumon, que escapou da DATS (Esquadrão de táticas para acidentes digitais) uma organização secreta do governo. Apesar de terríveis primeiras impressões, os dois tornam-se melhores amigos. Com os outros membros do DATS, o trabalho de Marcus e Agumon e seus amigos: Thomas e Yoshino, é investigar vários incidentes envolvendo os Monstros Digitais no mundo real e fazer com que ambos os mundos vivam em paz.
