Ano 2009: A raça humana está em meio a uma guerra de três vias com a raças humanóides alienígenas gigantes chamadas Zentraedi (masculino) e Meltrandi (feminino). Após executar uma dobra espacial que enviou ele e parte do Sul da Ilha de Atalia à borda do Sistema Solar, a fortaleza espacial Macross está em seu caminho de volta à Terra. Durante uma batanha contra as forças Zentraedi, o jovem piloto Hikaru Ichijo resgata a cantora idol Lynn Minmay e sua relação se desenvolve quando ficam presos em algum lugar da nave. Mas, logo depois de finalmente retornar à Macross City, Minmay é capturada pelos Zentraedi. Hikaru e a oficial Misa Hayase acabam de volta ao planeta Terra – apenas para ver as consequências da destruição de sua civilização. Apenas uma canção descoberta há milhares de anos – juntamente com a voz de Minmay – pode determinar o resultado da guerra agora.
