Merrin (Stellan Skarsgård), afastado da religião, está encarregado de escavar uma igreja cristã do século V. O jovem padre Francis (Gabriel Mann) supervisiona o trabalho, a pedido do Vaticano. O motivo é que a construção antiga, em tese, não poderia existir, já que os cristãos ainda não haviam chegado àquele ponto remoto da África, no período de origem da construção. Quando entra no local, Merrin descobre coisas ainda mais estranhas. A perfeita conservação do lugar dá a impressão de que a igreja teria sido enterrada logo após a construção, algo que lhe parece incompreensível. Além disso, as pinturas nas paredes descrevem cenas de uma violência indescritível, e as estátuas parecem adorar algo que está sob o chão, quando ídolos cristãos normais devem ficar voltados para o céu.
