Dois anos se passam após “Bloody Monday” e Fujimaru, leva uma vida tranquila. Até que um dia um avião é sequestrado por uma terrorista, que leva a bordo uma bomba nuclear, programada para explodir quando chegar a Tóquio. Fujimaru, é chamado pela THIRD-I, mas uma vez, para que ele tente impedir a explosão usando suas habilidades como hacker, embora Fujimaru, hesite em aceitar, com receio de correr o risco de passar pelas mesmas tristezas e perdas de dois anos atrás, ele se vê sem escolha e se junta à THIRD-I, na luta contra os terroristas.
