Inspetor Zenigata foi retirado do caso Lupin devido à sua incapacidade para capturá-lo, e foi substituído por um agente muito mais cruel, Keith, que de bom grado levará Lupin morto se ele não puder levá-lo vivo. Isso não condiz com Zenigata, que sempre teve um respeito para Lupin. Ele vai contra as suas ordens e dá essa informação para o ladrão, dando Lupin e sua gangue chance de que necessitam para permanecer vivo.
Enquanto isso, Zenigata foi transferido para investigar um grupo terrorista, Shot Shell. A fim de ganhar o interesse da organização, Lupin rouba um submarino nuclear da Rússia e sequestra uma física russa, Karen, para ajudá-lo. Karen tem uma ligação com Jigen no passado e parece empenhada em vingar-se dele por seu pai.
