Os comedores de guloseimas de carteirinha, Scooby-Doo e Salsicha, trocam os cookies pelos biscoitos da sorte na tentativa de resolverem um mistério envolvendo artes marciais. A turma da Mistérios S.A. viaja pelo mundo em um caçada ao tesouro transcontinental para resolver um caso de proporções ancestrais. Eles estão correndo contra o tempo enfrentando o vingativo Samurai Negro e seus espectrais Fantasmas Guerreiros, na tentativa de resgatarem a Espada do Destino, uma lâmina milenar que confere incríveis poderes a quem empenhá-la. Pelo caminho Scooby-Doo e Salsicha viram alunos do incomparável Mestre da Espada, que ensina a eles o Boshido, o Caminho do Samurai.
