O Mundo Digital se tornou tão super populoso que Yggdrasil, o super computador que o governava não podia mais suportá-lo. Então ele decidiu escolher uma pequena porcentagem de digimons para levar à um novo Digimundo que ele iria criar, enquanto a maioria dos digimons seria eliminada por um Vírus chamado Vírus-X. Porém, alguns digimons resistiram ao Vírus-X e desenvolveram o Anticorpo-X. O Anticorpo-X reescreve o Digi-Núcleo (núcleo dos digimons que define as suas características, resumidamente é a fonte vital dos digimons) do digimon, alterando a sua aparência e tornando-o mais forte. Desesperado, Yggdrasil criou um ser experimental chamado Dorumon, que seria utilizado para dar origem à Dexmon, um digimon que tem o objetivo de deletar o Digimundo, por isso ele nomeu a criação de Dexmon como Projeto Ark. Enquanto o Projeto Ark não ficava pronto, Yggdrasil mandou alguns Cavaleiros Reais como Omnimon, Dukemon e Magnamon para eliminar digimons com o Anticorpo-X. Mas quando Dorumon evoluiu pela primeira vez para Alphamon, o lendário líder dos Cavaleiros Reais, ele se juntou à Omnimon para impedir os planos de Yggdrasil. No fim, Alphamon se sacrificou para destruir Dexmon (Projeto Ark) e doou o Anticorpo-X para Omnimon que destruiu e reiniciou a configuração de Yggdrasil com seu ataque Deletar Tudo, dando origem à um novo Digimundo.
